Jane Tennant, az NCIS Pearl Harbor első női különleges ügynöke magabiztosságának és stratégiájának köszönhetően megbízott vezetőként a hivatali ranglétra tetejére ért egy olyan rendszerben, amely lépten-nyomon csak hátráltatni próbálja. Mindenre elszánt szakértői csapatával próbál egyensúlyt teremteni a családja és a hazája iránti kötelezettségeiben, miközben olyan bonyolult bűneseteket vizsgálnak ki, amely a hadsereget, a nemzetbiztonságot és Hawaii napsütötte turista paradicsomának rejtélyeit is érintik.
A harmadik évadban robbanások sorozata rázza meg Kingstownt, ami felbolygatja lakói életét, miközben az orosz maffia egy új fejese telepedik le a városban, és ezzel kitör a drogháború a börtön falain belül és kívül. Hatalmas nyomás nehezedik Mike McLusky-ra (Renner), hogy véget vessen a háborúnak, de a dolgok tovább bonyolódnak, amikor felbukkan egy ismerős arc a börtönmúltjából, aki könnyedén meghiúsíthatja a polgármester erőfeszítéseit a frakciók összebékítésére.
